Les tests moléculaires
Les tests moléculaires innovants visent à identifier d'éventuelles mutations génétiques dans les tumeurs des patients. Ils contribuent à orienter ou à participer au diagnostic et à la stratégie de traitement, à déterminer la possibilité pour un malade d'accéder à une thérapie ciblée, ou encore à suivre la maladie résiduelle.
Le nombre de biomarqueurs prédictifs augmente rapidement avec le développement clinique de nouvelles thérapies ciblées. Actuellement, plus de la moitié des thérapies ciblées autorisées disposent d’un biomarqueur conditionnant leur prescription.
En 2020, les plateformes de génétique moléculaire des cancers ont réalisé 346 000 tests déterminant l’accès à une thérapie ciblée pour 142 000 patients.
Les tests de génétique somatique
Les 28 plateformes de génétique moléculaire réparties sur le territoire français disposent actuellement d’un catalogue de 60 tests.
La mise en évidence d’altérations génétiques au sein des cellules cancéreuses a permis d'identifier de nouveaux biomarqueurs moléculaires. Ces paramètres sont aujourd’hui indispensables pour le diagnostic, la classification, le choix et la surveillance du traitement d’un nombre croissant de cancers.
Les biomarqueurs de génétique somatique peuvent être regroupés en quatre catégories selon leur finalité :
les biomarqueurs prédictifs déterminant l'accès à des thérapies ciblées ;
les biomarqueurs contribuant au diagnostic, en complémentarité de paramètres cliniques, morphologiques et biologiques ;
les marqueurs pronostiques participants à l’orientation du traitement des patients ;
les marqueurs de suivi de la maladie résiduelle.
Les tests ou marqueurs déterminant l'accès à des thérapies ciblées
Actuellement, la prescription des thérapies ciblées est guidée, dans la mesure du possible, par les caractéristiques moléculaires de la tumeur de chaque patient. Des biomarqueurs peuvent être associés (mais pas systématiquement) à ces traitements. Ils permettent alors de tester les patients afin d’identifier ceux qui sont porteurs ou non d’une altération.
Ainsi, plus de la moitié des thérapies ciblées autorisées disposent d’un biomarqueur conditionnant leur prescription dans une partie ou dans la totalité de leurs indications autorisées. L’accès à ces tests est indispensable pour permettre aux patients un accès à ces traitements.
En 2020, les plateformes de génétique moléculaire des cancers ont réalisé 196 000 tests déterminants l’accès à une thérapie ciblée pour 85 000 patients. En particulier, plus de 19 000 patients avec un cancer du poumon ont bénéficié d’une recherche de mutation d’EGFR, 10 000 patients avec un cancer colorectal ont eu accès au test RAS et une recherche de mutation de BRAF a été effectuée pour 5 000 patients atteints d’un mélanome.
Pour chaque type de cancer, principaux biomarqueurs prédictifs déterminant l’accès à une thérapie ciblée (2020)
Type de cancer | Biomarqueur | Utilité du marqueur |
| Cancer du sein | Amplification de HER2
| Prescription de neratinib dans le cancer du sein précoce
Prescription du trastuzumab dans le cancer du sein précoce ou métastatique, seul ou en association
Prescription de trastuzumab – emtansine dans le cancer du sein précoce ou métastatique
Prescription du pertuzumab en association avec trastuzumab et docetaxel dans le cancer du sein métastatique
Prescription du lapatinib dans le cancer du sein métastatique |
| Mutations PIK3CA | Prescription d’alpelisib | |
| Mutations constitutionnelles de BRCA | Prescription d’olaparib | |
| Cancer de l’ovaire | Mutations de BRCA (constitutionnelles et/ou somatiques) ou HRD | Prescription d’olaparib |
| Mutations de BRCA (constitutionnelles et/ou somatiques) | Prescription de rucaparib | |
| Cancer gastrique | Amplification de HER2 | Prescription du trastuzumab dans le cancer gastrique métastatique |
| Cancer colorectal métastatique | Mutations de KRAS | Prescription du panitumumab et du cetuximab dans les cancers colorectaux ne présentant pas de mutations de KRAS ou NRAS |
| Mutations de NRAS | ||
| Mutation V600 de BRAF | Prescription de l’association encorafenib-cetuximab | |
| GIST (Gastro-intestinal stromal tumor) | Mutations de KIT | Prescription d’imatinib |
| Mutations de PDGFRA | Prescription d’avapritinib | |
| Cancer du poumon | Mutations d’EGFR | Prescription de gefitinib, d’erlotinib (seul ou en association avec le ramucirumab), d’afatinib, d’osimertinib ou de dacomitinib.
L’absence de mutation d’EGFR permet la prescription de pembrolizumab, d’atezolizumab en association ou de l’association nivolumab/Ipilimumab |
| Translocations d’ALK | Prescription de crizotinib, de lorlatinib, de ceritinib, de brigatinib ou d’alectinib
L’absence de réarrangement ALK permet la prescription de pembrolizumab, d’atezolizumab en association ou de l’association nivolumab/Ipilimumab | |
| Translocation de ROS1 | Prescription d’entrectinib ou de crizotinib | |
| Mutations de BRAF | Prescription du dabrafenib et du trametinib | |
| Expression de PDL1 | Prescription de pembrolizumab, d’atezolizumab, de cemiplimab ou de durvalumab | |
| Réarrangement de RET | Prescription de selpercatinib | |
| Mutation de MET | Prescription de crizotinib | |
| Mélanome | Mutations V600 de BRAF | Prescription de vemurafenib (seul ou en association avec du cobimetinib), de dabrafenib (seul ou en association avec le trametinib), de l’association encorafenib-binimatinib ou de trametinib |
| Glioblastome | Méthylation de MGMT | Sensibilité au temozolomide |
| Leucémie aiguë lymphoblastique (LAL) | Translocation de BCR-ABL ou mutation d’ABL | Prescription d’imatinib, de ponatinib ou de dasatinib. |
| Leucémie myéloïde chronique (LMC) | Translocation de BCR-ABL au diagnostic | Prescription d’imatinib, de nilotinib, de bosutinib ou de dasatinib. |
| Détection de BCR-ABL pour le suivi de la maladie résiduelle | Résistance à certains ITK / prescription de dasatinib, de bosutinib ou de ponatinib en 2e ou 3e ligne. | |
| Mutations d’ABL | ||
| Leucémie lymphoïde chronique (LLC) | Délétion 17p | Prescription de venetoclax, d’idelalisib (en association au rituximab), d’acalabrutinib ou d’ibrutinib |
| Mutations de TP53 | ||
| Leucémie aiguë myéloblastique (LAM) | Mutations FLT3 | Prescription de midostaurine (LAM nouvellement diagnostiquée) ou de giltéritinib (LAM en rechute ou réfractaire) |
| Mutations IDH1 et IDH2 | Prescription d’ivosidenib | |
| Syndromes myélodysplasiques (SMD) | Translocation de PDGFR | Prescription d’imatinib |
Source : Activité des plateformes de génétique moléculaire des cancers en 2018-2020
DOCUMENTS À TÉLÉCHARGER
Annuaire des plateformes de génétique moléculaire - 2021
XLSX 208 kB