Bulletin n°389
Sommaire
Biologie
-
Aberrations chromosomiques (3)
-
A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas", cette étude propose un nouvel indicateur de nature évolutionniste pour estimer l'effet de mutations somatiques sur la capacité de prolifération des lignées cellulaires cancéreuses
Effect Sizes of Somatic Mutations in Cancer
Journal of the National Cancer Institute, article en libre accès, 2017
-
A partir de 86 échantillons de tumeurs primitives et de métastases pulmonaires prélevés sur 10 patients atteints d'un ostéosarcome, cette étude analyse la disparité des anomalies génomiques entre les tumeurs primitives et les métastases
Multiregion sequencing reveals the genetic heterogeneity and evolutionary history of osteosarcoma and matched pulmonary metastases
Cancer Research, article en libre accès, 2017
-
A partir d'échantillons tumoraux et sanguins prélevés sur 6 patientes atteintes d'un cancer du sein, cette étude évalue les performances de plusieurs méthodes à base d'un séquençage de l'exome entier pour estimer l'hétérogénéité génétique intratumorale
Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity
Cell Reports, article en libre accès, 2017
-
-
Oncogènes et suppresseurs de tumeurs (3)
-
Menée in vitro et in vivo sur des modèles de glioblastome, cette étude met en évidence des mécanismes de nature épigénétique par lesquels, en régulant les niveaux de N6 méthyladénine, une ADN déméthylase (ALKBH1) favorise la prolifération des cellules tumorales
-
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur des patients atteints d'un ostéosarcome, puis menée in vitro et in vivo, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en lien avec un gène TP53 muté, la protéine SFRP2 favorise la tumorigenèse
Oncogenic role of SFRP2 in p53-mutant osteosarcoma development via autocrine and paracrine mechanism
Proceedings of the National Academy of Sciences, résumé, 2017
-
A partir d'échantillons tumoraux prélevés sur 43 patients atteints d'un mélanome muqueux, puis à l'aide d'un modèle animal (poisson-zèbre), cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels le gène SPRED1 exerce une fonction de suppresseur de tumeurs
Human tumor genomics and zebrafish modeling identify SPRED1 loss as a driver of mucosal melanoma
Science, résumé, 2017
-
-
Progression et métastases (4)
-
Menée in vitro et in vivo sur des modèles de cancer du sein, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en augmentant l'expression des gènes NUPR1 et PANX2, un petit ARN non codant (T3p) favorise le processus métastatique
Cancer cells exploit an orphan RNA to drive metastatic progression
Nature Medicine, résumé, 2018
-
Cet article passe en revue les travaux récents sur les mécanismes par lesquels le système immunitaire favorise l'émergence d'une niche métastatique en induisant le "réveil" des cellules tumorales dormantes
Dormant tumour cells, their niches and the influence of immunity
Nature Cell Biology, résumé, 2018
-
Menée à l'aide de xénogreffes dérivées de patientes atteintes d'un cancer du sein, cette étude met en évidence le rôle joué par des agrégats de cellules tumorales circulantes surexprimant CD44 dans le processus métastatique
Homophilic CD44 interactions mediate tumor cell aggregation and polyclonal metastasis in patient-derived breast cancer models
Cancer Discovery, article en libre accès, 2017
-
Menée in vitro et in vivo sur des modèles de cancer colorectal, cette étude met en évidence des mécanismes par lesquels, en surexprimant deux micro-ARNs (miR-21-5p et miR-155-5p), des exosomes dérivés de macrophages M2 favorisent le processus métastatique
M2 macrophage-derived exosomes promote cell migration and invasion in colon cancer
Cancer Research, article en libre accès, 2017
-
-
Ressources et infrastructures (4)
-
A partir de données portant sur 440 génomes tumoraux et 41 000 mutations somatiques, cette étude évalue, sur trois ensembles de données indépendantes, les performances d'une méthode basée sur l'apprentissage automatique pour automatiser le processus d'identification des variants somatiques
A deep learning approach to automate refinement of somatic variant calling from cancer sequencing data
Nature Genetics, résumé, 2018
-
A partir de l'analyse du transcriptome de 11 138 lymphocytes T issus de 12 patients atteints d'un cancer colorectal, cette étude évalue les relations dynamiques entre 20 sous-types de lymphocytes T définis par leurs fonctions et leurs potentiels clonogéniques
Lineage tracking reveals dynamic relationships of T cells in colorectal cancer
Nature, résumé, 2018
-
Dossier
A partir de données du projet "The Cancer Genome Atlas" portant sur 410 échantillons tumoraux (23 types de cancer), cette étude identifie dans la chromatine un ensemble de séquences d'ADN accessibles par les facteurs de transcription et, notamment, identifie des mutations de régions non codantes en association avec des anomalies d'expression de gènes liés au cancer
-
The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
Science, article en libre accès, 2017
-
-
-
A partir de données issues du projet "The Cancer Genome Atlas" et portant sur 6 721 échantillons tumoraux (23 types de cancer), cette étude analyse la relation entre le nombre de mutations somatiques ponctuelles et la survie des patients puis, à l'aide d'une approche évolutionniste, identifie l'existence d'un état critique dans l'évolution des tumeurs en fonction de ce nombre de mutations
Criticality in tumor evolution and clinical outcome
Proceedings of the National Academy of Sciences, article en libre accès, 2017
-